Target Fusion Sequencing

概要

Total RNAを材料に、ターゲット領域を含む配列をPCR増幅し、次世代シーケンサーを用いてシーケンシングします。その後、得られたシーケンスリードをターゲット配列と参照ゲノム配列にマッピングし、融合遺伝子を同定します。

特徴

ArcherTM FusionPlexTM Panel
  • 既知融合遺伝子だけでなく、パートナー未知の融合遺伝子も同定可能なパネルです。
    実験原理はライブラリー作製フローをご参照下さい。
  • Molecular barcodeを使用することで、PCR由来のリード重複を除去します。
  • MiSeqとIonPGMTM両プラットフォームに対応しています。
  • 様々な融合遺伝子をターゲットとしたパネルをご用意しています。

Ion AmpliSeqTM RNA Fusion Lung Cancer Research Panel
  • 既知融合遺伝子のみを同定可能なパネルです。
  • IonPGMTMのみに対応しています。
  • 少ない量のトータルRNAから解析可能です。

※網羅的な融合遺伝子の探索をご希望の場合は、Fusion Gene Analysisサービスをご利用ください。

Targeted Gene Panel一覧

パネル名
特徴
遺伝子数
ALK, RET, ROS1 をターゲット。
3
非小細胞肺癌と甲状腺癌に関連した融合遺伝子をターゲット。
17
(36
肉腫に関連した融合遺伝子をターゲット。
26
様々な固形腫瘍に関連した融合遺伝子をターゲット。
53
がん関連の融合遺伝子を包括的にカバー。
75
血液癌に関連した融合遺伝子をターゲット。
73
(87
骨髄性悪性腫瘍に関連した遺伝子をターゲット。
40
(84
急性リンパ性白血病に関連した遺伝子をターゲット。
44
(81
リンパ腫に関連した遺伝子をターゲット。
34
(125
リンパ性および骨髄性白血病に関連した遺伝子をターゲット。
77
(199
※ 発現レベル測定および点変異検出のためのターゲットも含む遺伝子数。
パネル名
特徴
融合遺伝子数
肺癌に関連したALK, RET, ROS1, NTRK1を含む既知融合遺伝子をターゲット。
ターゲット遺伝子情報
61

サンプル条件

解析フロー

  1. お預かりしたRNAサンプルの品質を確認します。
  2. ランダムプライマーを用いて逆転写反応を行い、cDNAを合成します。
  3. 対象領域の増幅とライブラリー作製を行います。
  4. 4. NGSを用いてシーケンシングし、塩基配列を決定します。
  5. 取得されたリード配列を用いて、融合遺伝子を検出します。

納品物

  1. シーケンシング結果(FASTQ)
  2. リファレンスゲノムへのマッピング結果(BAM)
  3. 融合遺伝子の検出結果

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