Target Fusion Sequencing

概要

Total RNAを材料に、ターゲット領域を含む配列をPCR増幅し、次世代シーケンサーを用いてシーケンシングします。その後、得られたシーケンスリードをターゲット配列と参照ゲノム配列にマッピングし、融合遺伝子を同定します。

特徴

ArcherTM FusionPlexTM Panel
  • 既知融合遺伝子だけでなく、パートナー未知の融合遺伝子も同定可能なパネルです。
    実験原理はライブラリー作製フローをご参照下さい。
  • Molecular barcodeを使用することで、PCR由来のリード重複を除去します。
  • 様々な融合遺伝子をターゲットとしたパネルをご用意しています。

Ion AmpliSeqTM RNA Fusion Lung Cancer Research Panel
  • 既知融合遺伝子のみを同定可能なパネルです。
  • IonPGMTMのみに対応しています。
  • MiSeqとIonPGMTM両プラットフォームに対応しています。
  • 少ない量のトータルRNAから解析可能です。

※網羅的な融合遺伝子の探索をご希望の場合は、Fusion Gene Analysisサービスをご利用ください。

Targeted Gene Panel一覧

パネル名
特徴
遺伝子数
ALK, RET, ROS1 をターゲット。
3
非小細胞肺癌と甲状腺癌に関連するALK, RET, ROS1,
FGFR3, PPARG, NTRK1, NTRK3, MET をターゲット。
ターゲット遺伝子情報
8
NTRK1, NTRK2, NTRK3 をターゲット。
ターゲット遺伝子情報
3
FGFR1, FGFR2, FGFR3をターゲット。
ターゲット遺伝子情報
3
肉腫に関連した融合遺伝子をターゲット。
ターゲット遺伝子情報
26
様々な固形腫瘍に関連した融合遺伝子をターゲット。
ターゲット遺伝子情報
53
がん関連の融合遺伝子を包括的にカバー。
ターゲット遺伝子情報
75
血液癌に関連した融合遺伝子をターゲット。
ターゲット遺伝子情報
72
(87
※ 発現レベル測定のためのターゲットも含む遺伝子数。
パネル名
特徴
融合遺伝子数
RNA Fusion Lung Cancer Research Panel
肺癌に関連したALK, RET, ROS1, NTRK1を含む既知融合遺伝子をターゲット。
ターゲット遺伝子情報
61

サンプル条件

解析フロー

  1. お預かりしたRNAサンプルの品質を確認します。
  2. ランダムプライマーを用いて逆転写反応を行い、cDNAを合成します。
  3. 対象領域の増幅とライブラリー作製を行います。
  4. シーケンシングし、塩基配列を決定します。
  5. 取得されたリード配列を用いて、融合遺伝子を検出します。

納品物

  1. シーケンシング結果(FASTQ)
  2. リファレンスゲノムへのマッピング結果(BAM)
  3. 融合遺伝子の検出結果

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