Target cfDNA Sequencing

概要


Exome
血漿由来DNAからターゲット領域の配列をPCR増幅し、次世代シーケンサーを用いて塩基配列を解析します。その後、参照配列と比較することで変異を検出し、解析結果をご報告します。

特徴

  • Molecular Tag を採用することで、PCRエラー等に由来する偽陽性変異が除去され、低頻度(~0.1%)変異の検出が可能になりました。
  • 全血または血漿からのcell free DNA(cfDNA)抽出も承っています。
  • 癌種ごとに絞り込まれた150以上のHotspot変異を、一度のアッセイで同時に解析できるパネルをご用意しています。

Targeted Gene Panel一覧

パネル名
特徴
対象遺伝子※
OncomineTM Lung cfDNA Assay
非小細胞肺癌(NSCLC)における150以上のHotspot変異をターゲット。 ALK, BRAF, EGFR, ERBB2, KRAS, MAP2K1, MET, NRAS, PIK3CA, ROS1, TP53
OncomineTM Colon cfDNA Assay
結腸癌における240以上のHotspot変異をターゲット。 AKT1, BRAF, CTNNB1, EGFR, ERBB2, FBXW7, GNAS, KRAS, MAP2K1, NRAS, PIK3CA, SMAD4, TP53, APC
OncomineTM Breast cfDNA Assay
乳癌における150以上のHotspot変異をターゲット。 AKT1, EGFR, ERBB2, ERBB3, ESR1, FBXW7, KRAS, PIK3CA, SF3B1, TP53
※ 各パネルの対象変異情報は、別途、お問い合わせ下さい。

サンプル条件(全血または血漿からのcfDNA抽出をご希望の場合は、別途ご相談下さい。)

OncomineTM cfDNA Assay

解析フロー

  1. お預かりしたcfDNAサンプルの品質を確認します。
  2. Molecular Tag配列を含む遺伝子特異的プライマーを用いて、ターゲット配列を増幅します。
  3. PCR反応によりアンプリコンを増幅することで、ライブラリー作製を行います。
  4. NGSを用いてシーケンシングし、塩基配列を決定します。
  5. 取得されたリード配列を用いて、変異を検出します。

納品物

  1. シーケンシング結果(FASTQ)
  2. リファレンスゲノムへのマッピング結果(BAM)
  3. 検出された変異のリスト

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