Transcriptome

概要

生体内の全転写物を網羅的に検出する手法です。サンプル間で発現量の異なる遺伝子を同定することにより、医薬品開発のターゲット候補遺伝子の抽出・薬剤耐性研究などに応用していただけます。

  • Transcriptome Resequencing解析: シーケンシング結果をリファレンスゲノムにマッピングし、発現量の定量、新規遺伝子構造の検出などを行います。

特徴

  • 遺伝子発現レベルとスプライシングパターンの検出を一度に行えます。
  • 生体内の遺伝子発現の変動を網羅的に検出でき、サンプル特異的な遺伝子発現パターンの同定に役立ちます。
  • 発現量の低い遺伝子も定量可能です。
  • RNAのストランド情報を保持してシーケンス解析(Stranded RNA Sequencing)を行うことも可能です。 目的に合わせて、解析方法をお選びいただけます。詳細は、Transcriptome Sequencingサービス比較資料をご参照下さい。
  • パスウェイ解析も承ります(オプション、ヒト・マウス・ラットのみ対応可能)。
  • Fusion Gene Analysisと組み合わせた解析もご提案可能です。

サンプル条件 (詳しくは、ご相談下さい)

バイオインフォマティクス解析受託サービス (詳しくは、ご相談下さい)

サービス内容

  1. お預かりしたRNAサンプルの品質を確認します。
  2. poly-Aを持つmRNAを精製、またはrRNAを除去します。
  3. 精製したRNAを断片化したのちランダムプライマーを用いて逆転写反応を行い、cDNAを合成します。
    その後、アダプターを付加し、ライブラリーを作製します。
  4. 作製したライブラリーをペアエンド法でシーケンシングします。
  5. 取得した配列をリファレンスゲノムにマッピングした後、発現量の定量などの解析を行います。

納品物

  1. シーケンシング結果(fastqフォーマットファイル、未加工のものおよび加工(※1)したもの)
  2. リファレンスゲノムへのマッピング結果
  3. 転写産物ごとの発現レベルリスト
  4. サンプル間の発現レベル比較結果
  5. クラスタリング解析結果
  6. スプライシングバリアントの検出結果(オプション)
  7. パスウェイ解析結果(オプション、iPathway Guide使用)

(※1) アダプター配列の除去、N塩基の除去、クオリティの低いリード配列の除去などを行います。

価格・納期

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