Microbial Community Analysis

概要

16S rRNA遺伝子の配列をシーケンスすることで、サンプル中に存在する微生物の種類と構成比を解析します。微生物が存在するサンプルから直接DNAを抽出し、PCR増幅後シーケンス解析を行うことで、難培養性の微生物も解析することができます。Microbiome(微生物叢)と疾患の関連研究、動物や植物のMicrobiome研究、水質・土壌調査など、様々な目的にご利用いただけます。

特徴

    • 16S rRNA遺伝子のV1からV3を含む領域をPCR 増幅し、シーケンシングを行います。
    • 得られた配列情報は、EzTaxon-e database ※1を使用した相同性検索と系統分類解析に用いられます。
    • 解析データは専用ソフトウェアCLcommunity™ ※2を用いて閲覧・分析できます(要ユーザー登録)
    • ※1  EzTaxon-e databaseは、16S rRNA遺伝子の塩基配列を収載した独自のデータベースで、40,000種以上の細菌に由来する配列情報を収載しており、1600以上の論文や出版物で引用されています。
      ※2  CLcommunity™ は、Microbial Community Analysis専用の無償ソフトウェアです。

サンプル条件

サービス内容

  1. お預かりしたDNAサンプルの品質確認を行います。
  2. 16S rRNA遺伝子の特定領域をPCR増幅し、ライブラリを作製します。
  3. 作製したライブラリをシーケンシングし、塩基配列を決定します。
  4. 取得した配列をEzTaxon-e database に対して相同性検索を行い、系統分類を推定します。
    各分類群に属する配列データ数を集計することで、菌種組成を算出します。

納品物

  1. CLcommunity™ 用解析結果ファイル(clc フォーマットファイル):専用ソフトCLcommunity™ を利用して、サンプルごとの菌種組成グラフやヒートマップの作成およびサンプル間比較解析、多様性解析※3などが可能です。
    ※3 α多様性(サンプルごとの菌種の多様性)およびβ多様性(検体間の菌種組成の類似性)解析を行います。
  2. シーケンシング結果(sffフォーマットファイル)
  3. クオリティコントロール結果

ChunLab Inc.本サービスはChunLab Inc.との提携によりご提供いたします。

PageTop

Copyright © 2017 RIKEN GENESIS CO.,LTD. All Rights Reserved.