Fusion Gene Analysis

概要

融合遺伝子は、あるタイプのがんでは顕著な特徴となっており、分子標的医薬のターゲットとして着目されています。本サービスでは、がん細胞などに由来する転写産物の配列を網羅的に決定した後、それらの配列情報から融合遺伝子を探索します。

特徴

  • RNA-Seqにより取得されたペアエンドリード配列を用いて、融合遺伝子を検出します。
  • 発現している融合遺伝子を効率よく探索することができます。
  • 2種類のソフトウェアを併用することで、融合遺伝子の検出力を向上させています。参考資料
  • Transcriptomeと組み合わせた解析もご提案可能です。

※ ターゲットを絞った融合遺伝子の検出をご希望の場合は、Target Fusion Sequencingサービスをご利用ください。

サンプル条件 (詳しくは、ご相談下さい)

バイオインフォマティクス解析受託サービス (詳しくは、ご相談下さい)

サービス内容

  1. お預かりしたRNAサンプルの品質を確認します。
  2. poly-A RNAを精製します。
  3. 精製したRNAを断片化したのちランダムプライマーを用いて逆転写反応を行い、二本鎖cDNAを合成します。
  4. アダプター付加を行い、ライブラリーを作製します。
  5. 作製したライブラリーをペアエンド法でシーケンシングします。
  6. 取得されたリード配列を用いて、融合遺伝子候補を検出します。
  7. 検出された候補遺伝子の偽陽性判別を行います。

納品物

  1. シーケンシング結果(fastqフォーマットファイル、未加工のものおよび加工(※1)したもの)
  2. 検出された融合遺伝子のリストと遺伝子ごとのbreakpoint前後の配列、ゲノム位置などの詳細情報(HTML形式)

(※1) アダプター配列の除去、N塩基の除去、クオリティの低いリード配列の除去などを行います。

価格・納期

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