GeneChip™アレイ

理研ジェネシスは、各種GeneChip™受託解析に必要な設備や解析ソフトを備え、トレーニングを十分に積んだ経験豊富なDNAマイクロアレイ実験のスペシャリストが解析を行い、お客様に高品質で再現性や信頼性の高い、最高水準のデータを提供しております。

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概要


Affy
Applied Biosystems™ GeneChip™アレイは、オートメーション製造プロセスにより作製され、また、ハイブリダイゼーション以降の操作が自動化されているため、チップ間のデータのばらつきが最小限に抑えられ、再現性の高い解析が可能です。発現解析用のアレイは、3’ IVT Array, Gene Array, Clariom™ D Array, Clariom™ S Arrayに分けられます。いずれのアレイにおいても、1つの転写産物の検出に複数のプローブを使用しています。3’ IVT Arrayは、遺伝子の3’末端側にプローブが設計されており、Gene Arrayは転写産物全長にわたってプローブが設計されています。Clariom™ D Arrayは、さらに高密度にプローブが設計され、選択的スプライシング解析などにも適しています。Clariom™ S Arrayは、Isoform間で共通するエクソンのプローブに絞り込むことで、遺伝子レベルでの解析に特化しています。

各アレイの特徴

対応生物種
ヒト、マウス、ラット、ショウジョウバエ、シロイヌナズナ、線虫、酵母、イヌ、など多数
Test Array, CustomExpress™ Array のご利用も承ります。
アレイの仕様
オリゴヌクレオチドプローブ長 … 25 mer
Probe selection region のプローブ数 … 11 ~ 20 / region
プローブペア … Perfect match (PM) + Mismatch (MM)
代表的なアレイ
・Human Genome U133 Plus 2.0 Array … 47,400 transcripts
・Mouse Genome 430 2.0 Array … 39,000 transcripts
・Rat Genome 230 2.0 Array … 30,000 transcripts
アッセイ手法
GeneChip™ 3' IVT PLUS Kit を用いたcRNA 増幅(真核生物)
GeneChip™ Hybridization, Wash and Stain Kit
必要サンプル量
真核生物用 … total RNA 300 ng 以上(濃度50 ng/μL 以上)
対応生物種
ヒト、マウス、ラット、他のモデル生物など多数
アレイの仕様
オリゴヌクレオチドプローブ長 … 25 mer
Probe selection region のプローブ数 …21 ~ 27 / gene
プローブセット … Perfect match (PM)
代表的なアレイ
・Human Gene 2.0 ST Array … 40,716 transcripts
・Mouse Gene 2.0 ST Array … 35,240 transcripts
・Rat Gene 2.0 ST Array … 28,407 transcripts
アッセイ手法
GeneChip™ WT PLUS Reagent Kit
GeneChip™ Hybridization, Wash and Stain Kit
必要サンプル量
total RNA 300 ng 以上(濃度50 ng/μL 以上)
対応生物種
ヒト、マウス、ラット
アレイの仕様
オリゴヌクレオチドプローブ長 … 25 mer
Probe selection region のプローブ数 … 平均10 / gene
プローブセット … Perfect match (PM)
代表的なアレイ
・Clariom™ S Array, Human … 21 万probe
・Clariom™ S Array, Mouse … 22 万probe
・Clariom™ S Array, Rat … 23 万probe
アッセイ手法
GeneChip™ WT PLUS Reagent Kit
GeneChip™ Hybridization, Wash and Stain Kit
必要サンプル量
total RNA 300 ng 以上(濃度50 ng/μL 以上)
対応生物種
ヒト、マウス、ラット
アレイの仕様
オリゴヌクレオチドプローブ長 … 25 mer
Probe selection region のプローブ数 … 平均数十 / gene
プローブセット … Perfect match (PM)
代表的なアレイ
・Clariom™ D Array, Human … 670 万probe
・Clariom™ D Array, Mouse … 600 万probe
・Clariom™ D Array, Rat … 590 万probe
アッセイ手法
GeneChip™ WT PLUS Reagent Kit
GeneChip™ Hybridization, Wash and Stain Kit
必要サンプル量
total RNA 300 ng 以上(濃度50 ng/μL 以上)

データ解析

3’ IVT ArrayとGene Arrayでは、標準で以下のベーシック解析を実施しています。また、オプション解析も承ります。
  • ベーシック解析
    GeneSpring GXを用いて以下の解析を実施します。
    ・Normalization
    ・スキャッタープロットの作成
    ・発現変動比の算出
    ・発現変動遺伝子(Probe)の抽出
    ・GO解析※1

  • オプション解析
    ・階層型クラスタリング解析(GeneSpring GX使用)
    ・パスウェイ解析※1(iPathwayGuideまたはGeneSpring GX使用)

    ※1 生物種によっては対応できない場合があります。

Clariom™ DとClariom™ S では、生データのみを納品致します。データ解析に関しましては、Thermo Fisher Scientifics社のAffymetrix Transcriptome Analysis Console (TAC) Software※2を使用して、検体間での遺伝子発現比較解析等を行うことが可能です。

※2 Affymetrix Transcriptome Analysis Console Softwareは、Thermo Fisher Scientific社より無償でインストールすることが可能です。
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