Whole Genome Genotyping

理研ジェネシスは、品質と解析能力(スループット)の両方で、世界トップクラスの解析ラボを実現しました。

アジアで唯一の完全自動化解析、LIMS(Laboratory Information Management System)採用による解析操作の均一性とミスハンドリングの根絶を実現しました。より正確なデータを、一日も早くお届けします。

理研ジェネシスで実施する遺伝子解析試験については、医薬品GLP省令に準じた当社における遺伝子解析試験の実施基準「RG-GLP」を導入し、2009年6月から運用を開始しております。このRG-GLPにより、製薬企業や医療研究機関の製薬治験や臨床試験を高い信頼性を持って受託できる体制を確立し、実績を出しております。また2010年5月にはCAP(College of American Pathologists:米国病理学会)認定を取得しております。

理研ジェネシスは高品質データと高い信頼性の証であるIlluminaCsPro認証をうけております。

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商品紹介

理研ジェネシスではイルミナ社のWGG製品Omniシリーズを採用しており、お客様の予算やスケジュールに柔軟に対応することが可能となっております。
HumanCytoSNP12やCytoSNP-850は染色体の構造異常の検出に特化しております。
次世代シーケンス解析を組み合わせた解析のご提案も可能です。
以下は主な製品例です。

参考資料

製品名
特徴
サンプル数/枚 マーカー数 その他
HumanOmni5-Quad 1000人ゲノムプロジェクトのデータやHapMapプロジェクトの全てのphaseから得られた情報に加え、最新の研究結果をもとにしたコンテンツが採用されています。
SNP間隔(平均値/中央値)
0.68 / 0.36 kb
4 4,301,332 1kGP CHB+JPT
MAF>5.0% 0.85
MAF>1.0% 0.76
HumanOmni2.5-8

1000ゲノムプロジェクトのデータから得られたマイナーアレル頻度2.5%以上のコモンおよび希少SNPを選択し、多様な人種での解析に対応しています。
SNP間隔(平均値/中央値)
1.19 / 0.64 kb

8 2,379,855 1kGP CHB+JPT
MAF>5.0% 0.83
MAF>1.0% 0.73
HumanOmniExpress Exome HumanOmniExpressとExomeを統合したコンテンツを搭載しています。遺伝子のコーディング領域のカバレッジを最大限にした製品です。 8 951,117

HumanOmniExpress

およびHumanExome

と同程度

HumanOmniExpress HapMapプロジェクトのすべてのphaseから得られた情報をもとにしたtagSNPコンテンツを搭載しています。12サンプル同時に解析可能ですので高いスループットに適しており、経済性に優れています。
SNP間隔(平均値/中央値)
4.0 / 2.1 kb
12 730,525 1kGP CHB+JPT
MAF>5.0% 0.74
MAF>1.0% 0.62
HumanExome 12,000以上のエクソームシーケンス及び全ゲノムシーケンスから得られたエクソン上のSNPコンテンツを搭載しています。コーディング領域以外のSNPは含まれていませんので、コホートジェノタイピング研究への新たな知見を得たり機能的に関連のあるものを同定するような新規プロジェクトに最適です 12 242,901 MAF>5.0% 0.1
MAF>2.5% 0.096
MAF>1.0% 0.088
CytoSNP-850K 先天性疾患および癌に関連した研究のための、細胞遺伝学関連遺伝子を最も包括的にカバーしています。 8 850,000~ 1 marker / 5.4Kb
HumanCytoSNP12-v2.1 細胞遺伝学的異常に特化したコンテンツを搭載しておりFISHやaCGHより高い解像度で染色体異常を検出することが可能です。12サンプル同時に解析可能です。
SNP間隔(平均値/中央値)
9.7 / 6.2 kb
12 299,140 CHB+JPT
0.83 / 0.94 / 0.73
OncoArray-500K 遺伝的な変異と関連付けられる代表的な5種類の癌※を評価可能なチップです。iCOGSアレイの次世代バージョンとして、コンテンツの拡張、改善が図られています。 24 533,631 コンソーシアムのエキスパートが設計したコンテンツ
※肺癌、直腸癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌

FFPEサンプル

Illumina FFPE DNA QC Kit、 Infinium FFPE Restore Kitを使用することで、FFPEサンプルを用いた解析も可能です。
詳細はお問合わせください。

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